Ngày 31 tháng 7 năm 2006, Fidel Castro xin thôi các chức vụ Chủ tịch Hội đồng nhà nước, Chủ tịch Hội đồng bộ trưởng, Tổng bí thư Đảng Cộng sản Cuba và chức vụ Tổng tư lệnh các lực lượng vũ trang. Quốc hội Cuba bầu em trai và cũng là người bạn chiến đấu của ông là Phó chủ tịch thứ nhất, Raúl Castro, đảm nhiệm các vụ này. Cuộc chuyển giao quyền lực này đã được miêu tả là tạm thời để Castro hồi phục từ cuộc phẫu thuật sau khi phải chịu một cơn "bệnh đường ruột cấp tính gây chảy máu". Fidel Castro quá ốm yếu để tham dự buổi lễ toàn quốc lần thứ 50 kỉ niệm thời điểm con tàu Granma cập đất liền ngày 2 tháng 12 năm 2006, khiến có những đồn đoán cho rằng Castro bị ung thư dạ dày,[29] dù Bác sĩ Tây Ban Nha García Sabrido, sau một cuộc khám xét ngày Giáng sinh, đã nói rằng tình trạng ốm yếu của ông là một vấn đề về tiêu hóa và không phải ung thư giai đoạn cuối.[30]

Ngày 31 tháng 7 năm 2007, băng hình cuộc gặp của Castro với Tổng thống Venezuela Hugo Chávez đã được phát sóng, theo các báo cáo của truyền thông quốc tế, Castro "tỏ ra yếu ớt nhưng khỏe hơn vài tháng trước",[31] và nhà lãnh đạo Cuba đã có một cuộc nói chuyện điện thoại kéo dài đáng ngạc nhiên trên buổi nói chuyện trên đài của Chávez Aló Presidente tháng sau đó.[32] Dù những người trung thành với Castro trong chính phủ Cuba đã nói rằng ông sẽ vẫn ra tranh cử trong cuộc bầu cử năm 2008 vào Quốc hội Cuba, vẫn có những nghi ngờ về việc ông sẽ tiếp tục hay thậm chí có khả năng quay lại cầm quyền hay không.[33] Kể từ năm 2007 tới nay, Fidel Castro không tham gia bất kỳ hoạt động chính trị nào, ông tập trung viết báo và thỉnh thoảng trả lời phỏng vấn một số nhà báo nước ngoài.

Vào tháng 2 năm 2013, Chủ tịch Cuba Raúl Castro tuyên bố ông sẽ từ chức vào năm 2018, chấm dứt nhiệm kỳ năm năm của mình [34]. Miguel Díaz-Canel được chọn để thay thế Raúl Castro làm Chủ tịch Hội đồng Nhà nước và Thủ tướng (Chủ tịch) của Hội đồng Bộ trưởng ngày 18 tháng 4 năm 2018 và tuyên thệ nhậm chức vào ngày hôm sau [35]

Sau khi Fidel Castro qua đời vào ngày 25 tháng 11 năm 2016, chính phủ Cuba tuyên bố quốc tang chín ngày. Trong thời gian tang lễ, công dân Cuba bị cấm chơi nhạc lớn, tiệc tùng và uống rượu [36].